一括処理で新規ユーザーを登録する場合、既に登録されているユーザー情報のCSVに新規分を追記してアップロードすればいいのか？それとも新規ユーザのデータのみのCSVファイルをアップロードすればいいのか？

ユーザマスタの一括処理の方法は、全体を更新する方法と追加・変更データを差分更新する方法があります。

新規ユーザを追加される場合は、万が一の際に既存データへの影響が少なく、必要なデータのみを更新できる「差分更新」にて実施いただくことをお勧めします。

参考

複数データ一括管理（09-10.複数データ一括管理：ユーザ差分マスタを取得する、09-11.複数データ一括管理：ユーザ差分マスタを作成する、09-12.複数データ一括管理：ユーザ差分マスタをアップロードする）

追加したいユーザが1名でも差分更新できるか

差分マスタ「更新区分」には何を入力すればよいか

差分更新で「ユーザが存在しません」のエラーが表示される