ユーザマスタ以外（拠点マスタ・部署マスタ・役職マスタ・グループマスタ・起動グループマスタ・管理グループマスタ）の差分更新は可能か？

できません。拠点マスタ・部署マスタ・役職マスタ・グループマスタ・起動グループマスタ・管理グループマスタの一括処理は全件更新となります。