ユーザマスタに部署権限の項目が無いが、どこで設定するのか

部署権限は「管理グループマスタ」で設定します。管理グループマスタで誰に、どの部署の、何の権限を付与するのかを指定します。

参考

複数データ一括管理　（09-08.複数データ一括管理：管理グループマスタを作成する）