特別警報での自動起動は市区町村単位か

市区町村単位です。
部署、拠点、居住地の入力住所の市区町村と特別警報の発表地域が合致した際に起動します。

部署、拠点、居住地の入力住所が都道府県までの場合でも、該当の都道府県内いずれかの市区町村で特別警報が発表された際に起動しますが、同じ都道府県内の市区町村違いで発表される度に新たに起動されますのでご注意ください。