全社権限と部署権限の違いがわからない

全社権限は、所属に関係なく、サービスに登録されているユーザ全体が権限の対象範囲になります。
部署権限は、指定した部署に所属しているユーザが権限の対象範囲になります。

例えば営業部の部長の社員を「全社権限では確認権限」「部署権限では管理権限」に設定すると、営業部以外は参照するのみ、営業部のユーザを対象にしたものはすべての操作ができるユーザとなります。