部署権限ユーザで手動起動した際、全社権限ユーザには、起動通知メールは配信されません。
全社権限ユーザに起動通知メールを配信したい場合は、「管理グループ管理」で、起動通知メールを配信したい全社権限ユーザに手動起動の対象となる部署の部署権限に「確認権限」を付与します。
起動通知メールを配信したい全社権限ユーザには、部署権限が複数付与される状態になります。部署権限の起動通知欄にチェックを必ず入れてください。
参考
個別データ管理：管理グループ情報 （08-03.個別データ管理：管理グループ情報を変更する）